Singapore bị trục xuất khỏi liên bang vào ngày 7 tháng 8 năm 1965 sau những bất đồng quan điểm chính trị chính phủ của bang và hội đồng liên bang tại Kuala Lumpur. Singapore được độc lập 2 ngày sau đó, vào ngày 9 tháng 8 năm 1965, sau này đã trở thành ngày Quốc khánh của Singapore. Malaysia là nước đầu tiên công nhận nền độc lập của Singapore.
Độc lập đồng nghĩa với tự túc, Singapore đã phải đối mặt với nhiều khó khăn trong giai đoạn này, bao gồm nạn thất nghiệp, thiếu nhà ở, đất đai và tài nguyên thiên nhiên như dầu mỏ. Theo thống kê của Ngân hàng Thế giới, tại thời điểm độc lập, khoảng 70% hộ dân Singapore phải sống trong điều kiện đông đúc tồi tàn, một nửa dân số mù chữ.[31] Năm 1962, GDP đầu người của Singapore đạt 516 USD, đây là mức cao nhất ở Đông Nam Á, nhưng vẫn thấp nếu so với các nước châu Âu
Trong thời kỳ lãnh đạo của mình từ năm 1959 đến 1990, Thủ tướng Lý Quang Diệu từng bước kiềm chế thất nghiệp, lạm phát, tăng mức sống và thực hiện một chương trình nhà ở công cộng với quy mô lớn. Các cơ sở hạ tầng kinh tế của đất nước được phát triển, mối đe dọa của căng thẳng chủng tộc được loại bỏ và một hệ thống phòng vệ quốc gia được thiết lập. Ngoài ra, trong thập niên 1960-1970, kinh tế Singapore cũng được hưởng lợi từ việc cung cấp nhu yếu phẩm, nhiên liệu, vũ khí và phương tiện chiến tranh cho quân viễn chinh Mỹ ở Việt Nam. Riêng xăng dầu và nhiên liệu, mỗi tháng Singapore bán cho Mỹ lượng hàng trị giá 600 triệu đôla, thu nhập từ việc làm hậu cần cho quân đội Mỹ chính là nguồn lực ban đầu giúp Singapore xây dựng kinh tế đất nước
Singapore từ một nước đang phát triển trở thành một nước phát triển vào cuối thế kỷ XX. Năm 1990, Ngô Tác Đống kế nhiệm chức thủ tướng, đối mặt với nhiều khó khăn bao gồm ảnh hưởng kinh tế từ cuộc khủng hoảng tài chính Đông Á năm 1997, sự lan tràn của SARS năm 2003 cũng như những đe dọa khủng bố từ Jemaah Islamiah, hậu 11 tháng 9 và các vụ đánh bom ở Bali. Năm 2004, con trai cả của Lý Quang Diệu là Lý Hiển Long trở thành thủ tướng thứ ba. Mặc dù nền kinh tế có sự tăng trưởng đặc biệt, Đảng Hành động Nhân dân (PAP) đã phải nhận kết quả bầu cử tệ nhất trong lịch sử tại cuộc bầu cử năm 2011, khi họ chỉ giành được 60% số phiếu bầu. Vào ngày 23 tháng 3 năm 2015, Lý Quang Diệu qua đời