Gian chính điện chùa Tam Giáo nằm lọt trong lòng một quả núi phía dưới vòm hang. Đi sâu vào bên trong, hang hẹp dần với những vách đá có tạc những bài thơ viết về chùa. Một lối đi nhỏ dốc đứng với những bậc đá dẫn lên tầng hai chùa. Nơi đây có nhiều ban thờ và đặc biệt là những nhũ đá rất đẹp. Không gian tầng hai hoàn toàn do thiên tạo với khá nhiều hốc đá rộng ăn sâu vào lòng núi. Chính giữa tầng hai là nhũ đá mà theo truyền thuyết được ví như bầu sữa mẹ. Từ nhũ đá có một dòng nước nhỏ chảy suốt đêm ngày. Cứ qua một lối đi hẹp là vòm hang lại mở rộng với một không gian tâm linh, hết tầng này đến tầng khác.
Tên gọi Tam Thanh chỉ quần thể gồm ba hang động Nhất Thanh, Nhị Thanh và Tam Thanh. Chùa Tam Thanh được xây dựng trong động Tam Thanh nên chùa được lấy tên theo động. Trên nền trời mây phủ quanh năm, giữa trùng điệp núi non hiểm trở. Sự hùng vĩ của đất trời biên cương càng làm cho chốn tâm linh trở nên huyền ảo, diệu kỳ và nhuốm màu sắc tâm linh.
tự nhiên kỳ thú với hang động đẹp, có nhiều nhũ đá và hình thù độc đáo...