Chùa Bác Ái là một trong những ngôi chùa lâu đời của Kon Tum, dù Kon Tum có nổi tiếng với những khu bảo tồn thiên nhiên, khu du lịch sinh thái hay các di tích lịch sử được xếp hạng cấp quốc gia hoặc văn hóa cồng chiêng Tây Nguyên đã ghi nhiều trong sử sách thì khi ghé thăm ngôi chùa vẫn sẽ mang một nét riêng đậm dấu ấn cho những ai lần đầu đến tham quan nơi này.
Bác Ái là cơ sở Phật giáo có mặt sớm nhất trên địa bàn tỉnh Kon Tum. chùa Bác Ái đơn sơ, mộc mạc, thanh bình phù hợp cho nhữg ai thíc sự tĩnh lặng. Đây là ngôi chùa cổ đầu tiên của Kon Tum, được xây dựng mô phỏng theo kiến trúc Huế. Chùa đã được công nhận là di tích lịch sử cấp quốc gia.
Chùa được xây dựng vào năm 1932, do ông Võ Chuẩn là Huấn đạo của tỉnh Kon Tum bấy giờ thiết kế và xây dựng nên, nơi đây gắn liền với một câu chuyện vào giữa thế kỳ 19. Năm 1931 là năm mà những tỉnh ở miền Trung bộ bị hạn hán liên tục, thường xuyên mất mùa, nạn đói khắp nơi vì thiếu thốn lương thực khiến người dân vô cùng khốn đốn. Chính muốn thoát khỏi cảnh khổ sở này nên những người dân từ các tỉnh Huế, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định đã có cuộc di dân vào cuối những năm 1931 đầu năm 1932 đến với vùng đất cao nguyên là tỉnh Kon Tum ngày nay. Ai cũng hy vọng thoát khỏi cái đói khổ này nên tất cả di cư hết nhưng có đến 70% bị chết đói dọc đường đi và chỉ còn 30% đặt chân đến được vùng đất ấy. Do còn hoang sơ, thiếu đất ở lẫn đất trồng trọt nên những người di dân bắt buộc phải khai phá rừng để có đất làm nương rẫy nhưng nào ai biết được họ gặp phải nhiều con thú dữ, những con rắn hổ mang nguy hiểm cắn chết rất nhiều người.
Chứng kiến sự ra đi đầy đau đớn ấy, ông Võ Chuẩn đã thỉnh ngài Hoằng Thông – thủ tọa chùa Bạch Sa ở Quy Nhơn cùng những chư tăng lên Kon Tum cúng chay 3 ngày để cầu siêu cho những oan hồn bị chết uổng ấy và ông cũng thỉnh xin xây dựng ngôi chùa thờ Phật và các quy y vong linh những người chết mà không thể tìm thi hài đem về xứ được với tên gọi Linh Sơn. Võ Chuẩn lên bản thiết kế cho ngôi chùa và cùng những người dân phát quang rừng rậm, lấy đất xây chùa, vách bằng những mành tre và mái được lợp ngói âm dương. Và đến năm 1990 thì được trùng tu lại bởi Thượng tọa trụ trì Thích Chánh Quang.