Vào năm 1747, chùa được phân bổ trở thành Ngôi Chùa Quốc gia. Sau nhiều lần trùng tu sửa chữa (1802, 1824, 1858, 1957) ngôi chùa vẫn giữ được những nét đặc trưng cổ điển của mình.
Sau năm 1949, chùa Bảo Quốc trở thành trung tâm đào tạo Phật giáo nổi tiếng tại Việt Nam, thành lập một học viện Phật giáo quốc gia.