Phòng Raphael được bao phủ bởi một loạt các bức bích họa tuyệt đẹp của Raphael dành cho du khách khám phá lại các truyền thống của hội họa lịch sử
Những phòng này, được ủy quyền cho các căn hộ giáo hoàng của Cung điện Vatican bởi Giáo hoàng Julius II yêu nghệ thuật và sau đó là Giáo hoàng Leo X, được bao phủ bởi một loạt các bức bích họa tuyệt đẹp của Raphael. Khi khám phá lại các truyền thống của hội họa lịch sử, Raphael bắt đầu một truyền thống nghệ thuật sẽ được tiếp nối trong nhiều thế kỷ. Trong mỗi cảnh, anh sử dụng một đối xứng cổ điển trong bố cục, định vị các nhân vật trong phối cảnh xung quanh một tiêu điểm trung tâm. Trong khi một số cảnh được vẽ bởi các sinh viên hoặc các họa sĩ vĩ đại khác sau khi ông qua đời, Stanza della Segnatura và Stanza di Eliodoro đều do chính Raphael vẽ, cũng như những người trong Sala della Segnatura. Hoàn thành từ năm 1508 đến 1511, những tác phẩm này và những tác phẩm trong Nhà nguyện Sistine đại diện cho thành tựu tối cao của hội họa Phục hưng. Các bức tranh truyền tải văn hóa thời kỳ đó trong tất cả sự huy hoàng của nó và thể hiện các chủ đề nhân văn - khoa học tự nhiên có thể đạt được mà không có sự mặc khải thiêng liêng, triết học, lịch sử, toán học, luật dân sự và công lý.
Giáo hoàng Alexander VI, một người Borgia, có một nơi ở riêng cho mình và gia đình được xây dựng bên trong Cung điện Vatican, ngày nay được biết đến với tên gọi là Reginaamento Borgia. Từ năm 1492 đến 1495, Pinturicchio và các trợ lý của ông đã vẽ một loạt các cảnh kết hợp các chủ đề Kitô giáo với các chủ đề nhân văn cổ đại và Phục hưng. Phòng đầu tiên cho thấy các tiên tri và Sibyls; thứ hai, tín điều, với các tiên tri và sứ đồ. Phòng thứ ba được trang trí với những câu chuyện ngụ ngôn về bảy nghệ thuật tự do, và phòng thứ tư với truyền thuyết về các vị thánh. Cảnh trong Tân Ước bao trùm thứ năm.
Thật dễ dàng để bỏ lỡ viên ngọc nhỏ này khi bạn rời khỏi Phòng Raphael và đi qua Sala dei Chiaroscuro, nơi mà sự chú ý của bạn sẽ ở trên trần gỗ. Nhưng trong góc là một ô cửa nhỏ đến Nhà nguyện của Nicholas V, còn được gọi là Cappella Niccolina. Nó được xếp hoàn toàn trong những bức bích họa của nhà sư Florentine thời kỳ đầu Phục hưng, Fra Beato Angelico. Chủ đề của các bức bích họa là cuộc đời và sự tử vì đạo của St. Stephen và St. Lawrence, và giống như tất cả các tác phẩm của Fra Angelico, những bức tranh này nói về sự đơn giản lừa dối, dịu dàng và tận tâm gần như khiến bạn bỏ qua thiên tài của nghệ sĩ tài năng này.