Năm 1580, dưới sự bảo vệ của người Bồ Đào Nha, nhà thờ Công giáo đầu tiên được xây dựng tại Jaffna
Cấu trúc bất thường này trông giống như một phiên bản quét vôi trắng của một nhà thờ làng Gloucestershire.
Năm 1548, Thánh Phanxicô đã đến thăm Mannar và đến Jaffna để thuyết phục nhà vua chấm dứt các cuộc đàn áp chống lại các Kitô hữu.
Năm 1580, dưới sự bảo vệ của người Bồ Đào Nha, nhà thờ Công giáo đầu tiên được xây dựng tại Jaffna. Toàn bộ bán đảo đã đầu hàng vào năm 1591 trước André Furtado de Mendonça, gần như toàn bộ dân chúng chấp nhận Kitô giáo. Khi pháo đài Jaffna đầu hàng cho người Hà Lan vào năm 1658, ở bán đảo có 50 linh mục, 1 trường đại học Dòng Tên, 1 tu sĩ dòng Phanxicô và 1 tu viện Dominican và 14 nhà thờ. Để đảm bảo an toàn, bức tượng kỳ diệu nổi tiếng của Đức Mẹ phép lạ, Jaffna patao (மாதா / Puthumai Matha 1614-1658) đã bị các tù nhân Bồ Đào Nha đưa ra khỏi đảo. Kể từ năm 1658, Người bảo vệ Jaffna phải sống lưu vong trong nhà thờ Sao Pedro nằm dọc theo sông Mandovi ở Bainguinim, Goa, Ấn Độ.