Bảo tàng nằm trong một cung điện với kiến trúc Gothic đặc trưng nhưng với được trang trí bằng những vật liệu và gam màu sáng tưởng chừng như trông suốt gây thích thú cho người xem.
Bảo tàng lịch sử Bologna trước đây là cung điện Pepoli (Palazzo Pepoli) gần tòa Tháp Hai nổi tiếng, nhưng đã được chuyển thành bảo tàng như ngày nay từ cuối năm 2011. Cung điện cũ trước đây được trang trí theo phong cách hiện đại với những gam màu sáng trông rất bắt mắt. Các tour tham quan sẽ dẫn du khách đi từ tầng ba xuống tầng trệt để chiêm ngưỡng dòng chảy lịch sử làm thay đổi và phát triển văn hóa của Bologna như thế nào.
Cách đi: từ Tháp Hai, đi về hướng đường Castiglione phía nam cách đó 300 m.