Nhà tự nhiên học Philippe-Isidore Picot đã thành lập bảo tàng này vào năm 1796. Trước đó nơi đây là một tu viện cũ. Nó được mở cửa cho mọi người tham quan từ năm 1865 và được quản lý bởi Édouard Filhol. Ngày nay, bảo tàng đã được hoàn thiện bởi kiến trúc sư Jean-Paul Viguier vào năm 2007.
Đến thời điểm hiện tại, bảo tàng đã có thêm một số lượng lớn mẫu vật côn trùng, động vật và một khu vườn lớn trong khuôn viên. Đây là bảo tàng tự nhiên lớn thứ hai ở Pháp, chỉ đứng sau Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Quốc gia Pháp tại Paris.
