Bảo tàng Khảo cổ Thera là một bảo tàng ở Fira, Santorini, Hy Lạp. Nó được xây dựng vào năm 1960 để thay thế một bảo tàng cũ đã bị sụp đổ bởi trận động đất Amorgos năm 1956.
Nằm gần trạm trên của cáp treo Firá, là bảo tàng khảo cổ nhỏ. Nó trưng bày các đồ cổ được tìm thấy từ Thira, Dorian, Hellenistic, Roman và Byzantine như những dòng chữ có niên đại từ thời cổ đại đến thời La Mã, những bức tượng động vật được làm bằng đất sét và đồ gốm . Bảo tàng này được biết đến là một trong những nơi trưng bày nhiều đồ gốm nhất ở Hy Lạp .