Bảo tàng Hàng hải Dubrovnik được xây dựng vào năm 1941.
Năm 1987, nó trở thành một nhánh của Bảo tàng Dubrovnik, được xây dựng trong Lâu đài St. John, được xây dựng lại sau trận động đất năm 1979. Năm 1986, Bảo tàng Hàng hải đã bắt đầu một cuộc triển lãm dài hạn với hơn 4.000 bộ sưu tập, phản ánh lịch sử hàng hải của thành phố Dubrovnik và các khu vực lân cận. Trong số các cuộc triển lãm có các mô hình thân tàu có niên đại từ thế kỷ 17, 18 và 19, cờ, đại bác và các vũ khí khác, nhật ký hải lý và nhiều hơn nữa. Thư viện trong bảo tàng cũng chứa một số lượng lớn sách và tài liệu quý hiếm.