Từ năm 1961, Isla Contoy được bảo vệ bởi chính phủ Mexico và được tuyên bố là công viên quốc gia vào tháng 2 năm 1998. Hòn đảo này được điều hành bởi tổ chức phi chính phủ có trụ sở tại Isla Mujeres, Amigos de Isla Contoy AC và Bộ trưởng Môi trường, Tài nguyên thiên nhiên và câu cá (SEMARNAT).
Du lịch sinh thái được giám sát và đánh bắt cá thương mại theo quy định được phép trên và gần đảo. Chỉ có một vài công ty du lịch được phép mang tối đa 200 khách mỗi ngày đến Isla Contoy. Du khách cần phải xin phép để tham quan hòn đảo tại các văn phòng công viên ở Isla Mujeres hoặc Cancún.
Bốn loài rùa tìm thấy nơi trú ẩn an toàn để làm tổ trên các bãi biển của hòn đảo, đó là rùa rùa, rùa xanh, rùa Hawksbill và rùa da. Khu bảo tồn cũng là một khu bảo tồn của khoảng 152 loài chim biển nhiệt đới, như chim tàu khu trục, bồ nông nâu và chim cốc hai cánh.
