Việc xây dựng nhà thờ và Tu viện Sao Bento hiện tại bắt đầu vào khoảng năm 1660, sau vụ cháy của khu phức hợp cũ của người Hà Lan, và hoàn thành vào năm 1761. Nó cùng với phần lớn trung tâm lịch sử của thành phố đều được UNESCO công nhận là Di sản thế giới.
Vào năm 1998, nhà thờ và Tu viện Sao Bento đã được Giáo hoàng John Paul II nâng lên cấp bậc của Vương cung thánh đường nhỏ, thông qua bức tông đồ "Spectabile quidem".
