Đại học Cologne được thành lập vào năm 1388,đây là trường đại học thứ tư của đế chế La Mã thần thánh, nó nằm sau Đại học Prague (1348), Đại học Vienna (1365) và Đại học Heidelberg Rupperkal (1386). Năm 1794, người Pháp xâm chiếm thành phố Cologne. Năm 1798, Đại học Cologne đã bị Pháp đóng cửa.
Năm 1919, chính phủ Phổ tán thành quyết định của Hội đồng thành phố Cologne về việc xây dựng lại Đại học Cologne.