Bảo tàng Khoa học Tự nhiên Houston (Houston Museum of Natural Science) là một bảo tàng lịch sử tự nhiên nằm ở biên giới phía bắc của Công viên Hermann ở Houston, Texas, Hoa Kỳ.
Bảo tàng được thành lập vào năm 1909 bởi Bảo tàng và Hội Khoa học Houston, một tổ chức có mục tiêu là cung cấp một tổ chức miễn phí cho người dân Houston tập trung vào giáo dục và khoa học. Từ ngày mở cửa đến nay bảo tàng đã đón hơn 2 triệu lượt khách mỗi năm.
Tổ hợp bảo tàng bao gồm một cơ sở trung tâm với bốn tầng của các phòng triển lãm và khoa học tự nhiên, Đài thiên văn Burke Baker, Trung tâm Bướm Cockrell và Nhà hát Màn hình Khổng lồ Wortham (trước đây gọi là Nhà hát Wortham IMAX).
Bảo tàng là một trong những bảo tàng nổi tiếng nhất ở Hoa Kỳ và xếp ngay bên dưới Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên và Bảo tàng Nghệ thuật Metropolitan của Thành phố New York và Bảo tàng Tưởng niệm MH de Young ở San Francisco trong hầu hết các bảo tàng không thuộc Smithsonian. Phần lớn sự nổi tiếng của bảo tàng được quy cho số lượng lớn các triển lãm đặc biệt.
